Empezó su carrera en un equipo de su país, el UCB Douala y en 1996 fichó por el Real Madrid B. Tras descender con el filial blanco a Segunda División B en su primera temporada, el club decidió cederle al Club Deportivo Leganés.
Al año siguiente regresó al Real Madrid, debutando en la Primera división española el 5 de diciembre de 1998 en el partido RCD Espanyol 0 - 0 Real Madrid. Aunque a mitad de temporada se marcha en calidad de cedido al RCD Espanyol, ese es el único partido de liga que disputaría Eto'o esa temporada, ya que en el RCD Espanyol sólo disputaría partidos amistosos. A pesar de todo, esa temporada Eto'o consiguió proclamarse campeón de la Copa Intercontinental con el Real Madrid.